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# User: Set here the F90 compiler and options
#       Pedefined compilers: INTEL, PGF, HPUX, LAHEY
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COMPILER = GNU
#COMPILER = LAHEY
#COMPILER = INTEL
#COMPILER = PGF
#COMPILER = HPUX

FC_GNU     = g95
FOPT_GNU   = -cpp -O -pg -fbounds-check 
FC_LAHEY   = lf95
FOPT_LAHEY = -Cpp --pca
#FOPT_LAHEY = -Cpp --chk a,e,s,u --pca --ap -O0 -g --trap
FC_INTEL   = ifort 
FOPT_INTEL = -cpp -O -mp -pc80 -prec_div -tpp7 -implicitnone
FC_PGF     = pgf90
FOPT_PGF   = -Mpreprocess -O -fast -pc 80 -Kieee
FC_HPUX    = f90
FOPT_HPUX  = -O -u +Oall +check=on

# define FULL_ALGEBRA for non-sparse integration
FC   = $(FC_$(COMPILER))
FOPT = $(FOPT_$(COMPILER)) # -DFULL_ALGEBRA

LIBS =
#LIBS = -llapack -lblas

# Command to create Matlab mex gateway routines 
# Note: use $(FC) as the mex Fortran compiler
MEX  = mex

GENSRC = small_strato_Precision.f90  \
	 small_strato_Parameters.f90     \
	 small_strato_Global.f90  

GENOBJ = small_strato_Precision.o    \
	 small_strato_Parameters.o       \
	 small_strato_Global.o     

FUNSRC = small_strato_Function.f90 
FUNOBJ = small_strato_Function.o 

JACSRC = small_strato_JacobianSP.f90  small_strato_Jacobian.f90
JACOBJ = small_strato_JacobianSP.o    small_strato_Jacobian.o

HESSRC = small_strato_HessianSP.f90   small_strato_Hessian.f90
HESOBJ = small_strato_HessianSP.o     small_strato_Hessian.o

STMSRC = small_strato_StoichiomSP.f90 small_strato_Stoichiom.f90 
STMOBJ = small_strato_StoichiomSP.o   small_strato_Stoichiom.o

UTLSRC = small_strato_Rates.f90 small_strato_Util.f90 small_strato_Monitor.f90
UTLOBJ = small_strato_Rates.o   small_strato_Util.o   small_strato_Monitor.o

LASRC  = small_strato_LinearAlgebra.f90 
LAOBJ  = small_strato_LinearAlgebra.o   

STOCHSRC = small_strato_Stochastic.f90 
STOCHOBJ = small_strato_Stochastic.o 

MAINSRC = small_strato_Main.f90   small_strato_Initialize.f90   small_strato_Integrator.f90 small_strato_Model.f90
MAINOBJ = small_strato_Main.o     small_strato_Initialize.o     small_strato_Integrator.o   small_strato_Model.o 

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# User: modify the line below to include only the
#       objects needed by your application
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ALLOBJ = $(GENOBJ) $(FUNOBJ) $(JACOBJ) $(HESOBJ) $(STMOBJ) \
	 $(UTLOBJ) $(LAOBJ)

#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# User: modify the line below to include only the
#       executables needed by your application
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
all:    exe

exe:	$(ALLOBJ) $(MAINOBJ) 
	$(FC) $(FOPT) $(ALLOBJ) $(MAINOBJ) $(LIBS) -o small_strato.exe

stochastic:$(ALLOBJ) $(STOCHOBJ) $(MAINOBJ)
	$(FC) $(FOPT) $(ALLOBJ) $(STOCHOBJ) $(MAINOBJ) $(LIBS) \
	-o small_strato_stochastic.exe

mex:    $(ALLOBJ)
	$(MEX) FC#$(FC) -fortran -O small_strato_mex_Fun.f90     $(ALLOBJ)
	$(MEX) FC#$(FC) -fortran -O small_strato_mex_Jac_SP.f90  $(ALLOBJ)
	$(MEX) FC#$(FC) -fortran -O small_strato_mex_Hessian.f90 $(ALLOBJ)

clean:
	rm -f small_strato*.o small_strato*.mod \
	small_strato*.dat small_strato.exe small_strato*.mexglx \
	small_strato.map

distclean:
	rm -f small_strato*.o small_strato*.mod \
	small_strato*.dat small_strato.exe small_strato.map \
	small_strato*.f90 small_strato_*.mexglx

small_strato_Precision.o: small_strato_Precision.f90 
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Parameters.o: small_strato_Parameters.f90 \
	            small_strato_Precision.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Monitor.o: small_strato_Monitor.f90 \
	             small_strato_Precision.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Global.o: small_strato_Global.f90 \
	            small_strato_Parameters.o small_strato_Precision.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Initialize.o: small_strato_Initialize.f90  $(GENOBJ) 
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Function.o: small_strato_Function.f90  $(GENOBJ) 
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Stochastic.o: small_strato_Stochastic.f90  $(GENOBJ) 
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_JacobianSP.o: small_strato_JacobianSP.f90 $(GENOBJ)
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Jacobian.o: small_strato_Jacobian.f90  $(GENOBJ) small_strato_JacobianSP.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_LinearAlgebra.o: small_strato_LinearAlgebra.f90 $(GENOBJ) small_strato_JacobianSP.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Rates.o: small_strato_Rates.f90  $(GENOBJ) 
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_HessianSP.o: small_strato_HessianSP.f90  $(GENOBJ)
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Hessian.o:  small_strato_Hessian.f90 $(GENOBJ) small_strato_HessianSP.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_StoichiomSP.o: small_strato_StoichiomSP.f90 $(GENOBJ)
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Stoichiom.o: small_strato_Stoichiom.f90  $(GENOBJ) small_strato_StoichiomSP.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Util.o: small_strato_Util.f90  $(GENOBJ) small_strato_Monitor.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Main.o: small_strato_Main.f90  $(ALLOBJ) small_strato_Initialize.o small_strato_Model.o small_strato_Integrator.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Model.o: small_strato_Model.f90  $(ALLOBJ) small_strato_Integrator.o
	$(FC) $(FOPT) -c $<

small_strato_Integrator.o: small_strato_Integrator.f90  $(ALLOBJ)
	$(FC) $(FOPT) -c $<